影响小肠恶性肿瘤预后的主要因素是肿瘤大小和淋巴结转移情况。由于目前对小肠肿瘤尚缺乏理想的诊断方法，手术时发现有淋巴结转移或远处播散者占70％。目前对小肠恶性肿瘤的治疗效果极不满意。一般十二指肠癌行胰头十二指肠切除术后的5年生存率为5％～37％，平均为20％左右。空肠和回肠癌手术后的5年生存率为6％~33％，平均为13％左右。小肠恶性淋巴瘤手术后平均5年生存率为40％左右。经积极治疗，5年生存率可超过50％。B细胞淋巴瘤预后优于T细胞淋巴瘤。大多数患者死于确诊后2年内。年龄小于30岁、病灶直径大于10cm、肠系膜淋巴结受累、合并有肠穿孔或其他部位亦有病变者，其5年生存率为24％～33％，但I期病人的5年生存率可高达75％。

 

小肠平滑肌肉瘤的病程发展较慢，预后较好，手术后的平均5年生存率为50％左右。

 

在小肠恶性肿瘤中，类癌的预后最好。