颅咽管瘤分为鞍内型和鞍上型。前者起源于鞍隔下的上皮细胞巢，后者起源于鞍隔上的上皮细胞巢。瘤体小时都呈实质性，大时多呈囊性。临床见到的大多数病人，肿瘤实质部分大多较小，肿瘤大部呈囊变。颅咽管瘤囊性变占68％-85％，多为单囊性，少数为多囊性。囊大多位于实质部分上方。囊壁光滑，并布满大小不等的白色钙化斑点，囊壁和周围组织无粘连。囊液大多为10～30 ml，也有多达100 ml以上者。囊液多为淡黄色到黑褐色机油样物，内含胆固醇晶体；囊液可较清，也可混浊，放置不易凝固。囊液流人蛛网膜下隙，易引起化学性脑膜炎。囊肿下方的实质部分，都呈灰白色，内有钙化灶，瘤体往往和邻近重要结构有粘连，特别是下丘脑。

在显微镜下检查，根据组织学特点，颅咽管瘤可分为3种类型：①粘液上皮细胞型，主要由纤毛柱状细胞和粘液分泌细胞组成；②鳞状上皮细胞型，主要由鳞状细胞和釉质上皮所组成；③牙釉质细胞型，主要由类似于发育为牙齿釉质的细胞所组成；此型最为常见。