约50%的良性肿瘤患者没有症状,大的肿瘤可能因压迫重要器官而引起症状如胸痛、呼吸困难、咳嗽、反复发作的肺炎。畸胎瘤有独特甚至特异性的表现,例如,咳出毛发或皮脂状的物质,提示和气道相通。畸胎瘤中的肠或胰腺组织分泌的消化酶很少会致支气管、心包或胸膜破裂。很少发生因压迫而引起心脏填塞或因破裂入心包而引起反复发作的心包炎。当破入胸膜时,可能会出现因包裹积液刺激而引起的呼吸窘迫。同良性肿瘤相反,原发恶性纵隔生殖细胞瘤超过90%的病人都有症状。主要为胸痛、咳嗽、呼吸困难,全身症状有体重下降和发热。偶尔出现转移灶的症状,最常见的转移部位为肺、纵隔淋巴结、肝、骨、腹膜后和心脏。